沛县起兵前，萧何的官职比刘邦还要大一些，对治理地方的经验也更多。刘邦起兵成为沛公后，萧何就一直辅佐刘邦进行千头万绪的后方管理工作。反秦斗争结束，刘邦被项羽封为汉王，虽未能如怀王之约成为关中王，但刘邦也算是了有了自己稳定的根据地。自此，不论是最初的汉中，还是重定三秦之后的关中，都在萧何的治理下，成为了刘邦四方征战的粮草和人员补给中心，为大汉建国奠定了坚实的基础。萧何也因此功居首位。
汉二年，项羽违背怀王之约，把入关中的刘邦封到汉中，不但刘邦自己十分愤怒，要去攻击项羽，周勃、灌英、樊哙也都赞成。而萧何劝谏说：“汉中固然不如关中，但也比死了强。”刘邦问此事怎讲。萧何说：“如今我们实力不如项羽，百战百败，打起来还不是死路一条？《周书》有言，’天予不取，反受其咎‘，汉古义为大河，又常配以’天‘字，名称甚美。大王应效法汤武，暂屈一人之下，而后图万乘之尊。臣愿大王接受汉中王，养民纳贤，经营巴蜀，而后还定三秦，天下可图。”刘邦于是前往汉中，任命萧何为丞相，又接受萧何的推荐，任命韩信为大将军。刘邦入蜀仅四个月后，就重新夺取了三秦之地。
刘邦率诸侯出关攻楚时，萧何镇守关中、服侍太子、治理栎阳，立宗庙社稷，对于来不及奏报刘邦的事儿，可先办后报，同时还要负责向前线输送粮草和兵源。
汉五年，刘邦终于剿灭了项羽，登基称帝。论功行赏时，刘邦将首功给了坐镇大后方的萧何，引得一众在前线厮杀的武将们的不满。而刘邦的一套“功人功狗论”说的众人皆莫敢言。
刘邦封侯完毕，在排序论次时，大家都认为曹参负伤七十余次，攻城略地，应排在第一位，而刘邦仍然觉得萧何应居首位，但前面他已经力排众议说萧何功劳最大，这次也就不便再拂众意。时任谒者的关内侯鄂秋进言道：“大家的想法是不对的。曹参攻城略地只是一时之功。而陛下与楚军征战五年，人员损失甚多，自己也数次狼狈逃命，皇上虽无诏令，但萧何不断从关中补充兵源。在荥阳对峙时，军中缺粮，也是萧何从关中组织漕运，才使军粮不绝。陛下虽然在山东战败数次，而萧何治理关中，稳定后方，以待陛下，此为万世之功。曹参等将，何缺于大汉？怎能以一时之功盖过万世之功，所以萧何第一，曹参第二。”鄂秋所说的兵源、粮草及大后方，恰恰是楚汉相争后期项羽遇到的严重问题，所以萧何首功当之无愧。鄂秋因言刘邦所不能言，受封安平侯，食邑两千户，萧何全家受封食邑。
汉七年二月，刘邦刚刚消灭韩王信、经历白登之围后回到长安，看到萧何已经组织修建起了壮丽的新宫殿，命名为未央宫，未央意为无尽。刘邦大怒说：“天下动乱，征战多年，成败尚未可知，为何过度修建宫殿？”萧何说：“天下未定，所以才修建宫殿。而且天子以四海为家，壮丽才能显示威严，也才能不被后世有所超越。”萧何这么一解释，刘邦听了很高兴，便把首都从栎阳迁至长安。
其实刘邦并非不想拥有一座宫殿。汉五年润九月，刘邦刚刚平定臧荼、利几的叛乱，就下令修缮秦朝遗留的兴乐宫，改名为长乐宫，并且也于汉七年完成。所以，刘邦只是觉得未央宫的修建有些过度，不是不喜欢。
刘邦也并非不享受做皇帝的威仪。长乐宫修缮完成后，叔孙通策划了在这里举行的盛大朝仪，第一次规范了这群以武将粗人为主的新朝贵族们。一切法度森严，秩序井然，诸侯王们无不震恐肃静。朝仪后的酒会，也没有敢喧哗失礼的人。刘邦自己说：“我今天才知道做皇帝的尊贵。”
所以，对于萧何兴建未央宫，刘邦觉得过度是真的，而觉得生气是假的。未央宫很快就成为了汉朝的政治中心，也在后世成为汉朝皇宫的代名词，并护佑大汉国祚绵延了400年。
萧何虽然在汉朝建国的过程中功最高，排名第一，福荫子孙直至王莽新朝，又与刘邦是沛县老乡，有深厚的感情基础，但他与刘邦的相处却并非一帆风顺。刘邦对萧何且用且考验，萧何也采用了各种方式予以巧妙应对，最终保全了身家。
汉五年，刘邦发表“功人功狗”论的同时，还说到：“你们跟着我，多的也就两三个人，而萧何举族数十人跟随我，功不可没。”
这件事要说回两年前，当时刘邦与项羽正对峙荥阳，形势危急，刘邦曾派使节数次回到大后方慰劳萧何。一个姓鲍的年轻人对萧何说：“大王在前方征战，风餐露宿，派人来慰问是因为对您有疑心。为大人计，不如将宗族能参军的人全部派往前线，就不会失去汉王的信任。”萧何听从了这个计策，刘邦果然很高兴。
汉十年，萧何帮助吕后设计除掉韩信后，刘邦将萧何从丞相升至国相，加封食邑五百户，还派一名都尉领兵五百作为萧何的私人卫队。所有人都来祝贺萧何，只有秦朝旧臣东陵侯召平前来吊丧。他对萧何说：“大人的祸患从此要开始了。皇上在外征战，而您镇守后方，没有刀剑之险，但却被大加封赏。经历了韩信谋反，皇上对您也起了疑心。给您增加护卫，并非是恩宠啊。希望您能够推辞封赏，并以全部家财充军。”萧何是何等清醒之人，自然一点即破，听从了召平的建议，又一次稳住了刘邦。
汉十一年，刘邦在外平叛黥布，期间数次派人来询问萧何所为，使者回报说：“萧相国安定百姓，倾家财以充军用，就像陈豨叛乱期间一样。”这时又有门客对萧何说：“大人不久就将面临灭族之危。您官至国相，又功居首位，已赏无可赏。您已入关十多年，颇得民心，而您依然孜孜不倦以求民和。皇上派人回来问询，是怕您在关中过于有号召力。大人何不多多置办田地并且赊账用以自污名声？皇上闻此必会安心。”萧何照办，再次引得刘邦的高兴。
刘邦从平叛黥布前线回来时，百姓拦路告状，说相国强制以低价购入数千人的土地。等到萧何前来拜谒时，刘邦笑着说：“相国如今也是与民争利啊”，并把百姓的上书都给萧何看，让他自己向百姓谢罪。随后萧何为百姓向刘邦请求说：“长安地少，上林苑中空地很多，都已经废弃了，希望可以开放给农民耕种，茎杆也不要收，来用以给动物们为食。”刘邦大怒，说道：“相国是收了商人的财物，竟然为了他们打我园子的主意！”于是下令将萧何绑起来投入监狱。
几天后，一个王姓卫尉对刘邦说：“相国犯了什么大罪，陛下要如此治罪？”刘邦说：“我听说李斯给秦皇做相国时，功劳都归于皇帝，过失都是自己的。如今相国受贿于商人，申请开放上林苑，讨好百姓，所以才把他关起来。”王卫尉对答说：“萧相国为百姓着想，乃真宰相。陛下怎么能怀疑相国受贿于商人呢！陛下在关东与楚军征战数年，陈豨、黥布谋反时，陛下也是在外亲征，都是相国在守卫关中，关中一旦有变，则关西之地就不是陛下的了。相国当时有如此大的利益都没有动作，怎么会在意商人的钱。而且秦朝之所以灭亡就是因为不知道自己的过错，这是李斯的不尽职，岂能效仿？”虽然刘邦听了感到很不高兴，但还后来还是派人持节前去释放萧何。萧何获释后，赤脚入殿认罪，刘邦说：“相国何必如此，你为百姓请求开放上林苑而我不准，是我为夏桀商纣，而你才是贤相。我把你关起来，不过是让百姓知道我的过错罢了。”刘邦话已至此，萧何还能说什么呢，只能默默的接受。
萧何是刘邦集团最早的成员之一，一直是兢兢业业，忠诚侍君。但君终究还是君，臣也只能是臣，面对刘邦的猜忌和怀疑，除了全心辅国理政、倾其所有以表忠心外，还要设法自毁声誉，以及心甘情愿的接受惩罚，哪怕是毫无道理的。这正是伴君如伴虎，雷霆雨露，皆是君恩。